Завеса секретности, окружающая обстоятельства похищения, поисков и освобождения сухогруза Arctic Sea, как и следовало ожидать, породила "израильский след" в этой темной и запутанной истории. Известный обозреватель "Новой Газеты" Юлия Латынина, не представляя тому никаких конкретных доказательств, построила теорию похищения судна агентами "Моссада". Перечисляя многочисленные нестыковки в официальной версии событий, Латынина приходит к выводу, что среди сосновых бревен, значащихся официальным грузом Arctic Sea затерялись несколько десятков страшных зенитных ракет С-300 ( в интерпретации раздувшей историю западной прессы они превратились в еще более ужасные крылатые ракеты Х-55). Латынина строит свою теорию на доказательствах "от противного", и путем метода дедукции, приходит к логически неоспоримому выводу – на Arctic Sea могли перевозить только оружие, причем современное, дорогое и предназначенное для государства-парии. Единственной страной, которая могла осмелиться на наглый перехват такого груза у России под носом – в Балтийском море является Израиль и его шпионская организация "Моссад". Окончательно Латынину убедил "неожиданный" визит президента Израиля Шимона Переса в Сочи. Единственной целью Переса, по мнению Латыниной, было добиться от русских обещания не поставлять Ирану С-300, и в качестве подтверждения того, что такие поставки реально планировались, Перес воспользовался инцидентом с Arctic Sea.